合肥研究院积极发挥分院职能，联系、推动中科院所属研究所的科技成果在安徽省、河南省的转移转化。积极面向国民经济主战场，以合肥综合性国家科学中心、郑洛新国家自主创新示范区、合芜蚌自主创新综合试验区、国家技术创新工程试点省、“全创改”、“双创”等重大需求为导向，围绕新能源新材料、医疗健康、环境监测与治理、现代农业等产业领域，以中科院合肥技术创新工程院、安徽工研院、中科院河南中心等院地合作平台为依托和抓手，加快推进政产学研用深入融合，集聚科技资源，增强科技服务发展能力，为推动地方创新驱动发展做出了扎实的贡献。“十三五”以来，合肥研究院与企事业单位签订横向技术合同865项，合同额6.38亿元；通过许可实施、直接转让实现成果转化12项，合同额2855万元；共有98项成果作价4.6亿元入股设立了45家科技型企业，实施股权奖励3.21亿元。合肥研究院是安徽省第一家试点股权激励的单位，也是安徽省目前完成股权激励企业数量最多的单位之一。截至2018年底，合肥研究院直接持股企业达60家，涉及新材料、生物技术、环境保护、电子信息等领域，注册资本总额20.62亿元。 

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