中国科学院于1965年1月6日批准接收董铺岛。

　　中国科学院当时领导人有：院长由全国人大常委会副委员长郭沫若兼任。科学院党组书记兼常务副院长张劲夫同志（安徽肥东县人）主持全面工作。还有几位管理各个学科的副院长：严济慈、叶笃正、竺可桢等，科学院主要研究六大学科：数学、物理、化学、天文学、地质学、生物学。这就是“院徽”上的六大板块。

　　合肥董铺工程筹委会。

　　经安徽省委批准，设立党组，派来黄诚同志（时任省科委副主任）任党组书记，蒋天然同志任副书记。1966年的“文革”使全国各地方、各部门、各单位的党政领导都受到“文革”运动的冲击，特别是1966年11月份以后处于瘫痪状态。董铺岛的“文革”与全国、全省、全市大致相同。北京的消息传来得快，但没有发生武斗。1967年下半年，中央派来十二军到安徽“反左”，以李德生为主任的省军管会派两批军官组来岛工作。第一批以宋国铭为首的军管组和以陈少真为首的第二批军管组。在第二批军管组撤走后，省委决定：中科院安徽光学精密机械研究所成立党委，并派李锐同志为书记，凌汉如、史钧杰、张西春为副书记来岛工作。这一届党委工作到中科院合肥分院成立前夕。一九七八年上半年，党中央国务院召开“全国科学大会”。这给科学界带来春天。科学院批准成立“中科院合肥分院”。“分院”是科学院的派出机构，统管在岛上的若干个“研究所”，中科院派来白学光同志为合肥分院的首届党委书记，吴乃姻同志为副书记，蔡承祖同志为合肥分院副院长，省委派来朱德兴同志为行政副院长。同时宣布：成立“中科院等离子体物理研究所”。1978年下半年，岛上有两个研究所了。等离子体所霍裕平同志任首届所长。省委派来施炳智同志任党委书记；科学院调来潘宝质同志任安徽光机所党委书记，沈玉琪同志任安光所副所长。后来科学院从上海光机所调来刘颂豪同志任安光所所长。后来施炳智同志调走了，科学院又调来刘曙同志任等离子体所党委书记。

　　1979年11月，经中科院批准成立“合肥智能机械研究所”。这个所的前身是中科院华东分院下属的“中科院华东自动化及元件研究所”，该所址在合肥市环城西路北端向西北方向约200米。这个所在“文革”中一分为三：一部分留在合肥，归安徽省电子工业厅；听说另外两部分分别去贵州、山西。智能机械研究所就是留在合肥的这一部分，从电子厅转回科学院。何文任副所长，龚正服任副书记。

　　1982年，经科学院批准，由院属沈阳冶金所葛廷燧院士（原称：学部委员）到合肥组建“合肥固体物理研究所”。最初，钟琪同志负责组建，后来工作到离休。葛廷燧同志任所长，姚民军同志任党委书记。随着董铺岛的历史进程，中科院对合肥分院及各所领导定期换届。每届领导在任期内为董铺岛的建设和发展做出了自己的贡献。合肥分院首届院长霍裕平（同时兼任等离子体所所长）。后续继任：邱励俭，王绍虎；合肥分院改为物质科学研究院之后。院长谢纪康，王英俭，匡光力。安徽光机所所长：刘颂豪、龚知本、胡欢陵、王英俭、刘文清。等离子体所所长：霍裕平、万元熙、王绍虎、李建刚。固体所所长：戚振中、张立德、崔平、蔡伟平。智能机械所所长：方廷健、梅涛等。党务系统：蔡承祖、刘曙、汤洪高、霍裕平、茅培基、许正荣等历届党委书记。由党组改为党委之后：宋兆海、匡光力、王英俭。

　　董铺岛上的果树与绿化。

　　从宾馆到分院成立，岛上的大片土地，除了建房和筑路用地处，全部种植果树，有苹果、梨子、葡萄等，当初想种果树为宾馆服务。还有少量的稻田，种植水稻。在国防科委接收的三年时间里，从部队调来一个工兵营，把董铺岛北边的稻田用推土机推成养鱼塘。随着果树的老化和管理上出现松懈，逐渐减少。后来用绿化代替。董铺岛的绿化在省直机关和合肥市数得上一流的。1980年以后，分院和各所都很重视绿化，用了一批专业人员和季节性突击相结合。后来基本上以绿化（就是培植树苗和出卖少数的大树）供养绿化，不需要单位投资。

　　董铺岛的道路与交通。

　　董铺岛远离市区。在岛上工作、生活的职工首先感到交通极为不便。当初，只有一条路（即从北大门经过大杨店，现叫大杨镇）沿着环湖东路（现叫西二环北路），经过十里庙到市内。北大门到大杨店只有三米宽的单行道。科学院于1965年接收后，给董铺筹委会一部半新的“华沙”牌小轿车，供蒋主任用。两部“苏式嘎斯69”（其中一部供电工所分部用），一部“嘎斯63”为食堂拉货用。园艺场有一部解放牌货车供本厂用。筹委会的一部嘎斯69吉普车，供处级干部用。一般职工用不上车子。在不通公交车的情况下，职工有急事，只有提前联系并搭乘拉货车往返。国防科委接管期间，于1968年为岛上买了一部大客车，从此岛上去市内开了“早出晚归”的定时班车，终点站梅山新村，为职工去市内办公事和职工子女上学解决交通问题。自招收500名“青工”之后，安徽光机所领导多次与合肥市联系，经市领导批准，公交公司为岛上开通了“24路”公交车，从北大门到省农机三厂（现为省电气学校），每隔约40分钟一班。合肥分院成立之后，于1982年经科学院批准，拨款新建一条“蜀山湖路”（现叫科学岛路）。此路原设计建立“三孔大桥”，向合肥市备案时，市里建议我们建“五孔大桥”增添美观。此路和大桥于1984年建成通车。在举行通车典礼仪式上，中科院副院长、著名数学家华罗庚出席并剪彩。省市有关领导也出席了剪彩仪式。不久，市公交公司安排“21路”公交车进岛。21路从市府广场，经过大铺头、南大桥到二号楼北边为终点站，大约25分钟一班，从那以后，岛上的交通得到较好的改善。

　　2001年二号楼北面要修建大广场，因施工需要，21路公交车岛上的终点站，移到现在的梧桐路上。市内的终点站由市府广场移到安庆路西头末端。不久，又改为221路。大约到了2006年，孙金龙兼任市委书记后，为了改变公交车在长江中路过于集中，把221路改为903路，把市内公交站移到青阳路北端安居苑西村。到了2008年又把903路在市内的终点站移到省电气学校。

　　职工宿舍。

　　国防科委于1968年拨款在岛上盖起第一批宿舍。除第三栋由于地基下陷，将西头拆了重盖外，职工居住40多年，未出任何危险。安徽光机所期间，在西区盖起6-7栋。合肥分院成立后，首先盖起8栋，接着盖起9-10栋（俗称大板房），不用砖瓦，根据设计，事先用钢筋水泥预制好板块，运到房基。用电焊把板块留出来钢筋焊接好，就合成两栋四层楼房。在西区，用8栋建房图纸又盖起11-15栋。随后在东区盖起1-4栋，接着盖起5-8栋，东区第9栋单独盖，被称之为“干部楼”。1990年期，西区16-17栋和东区10栋是一个图纸盖好的。1992年东区盖起11-12栋（小户型），西区盖起18栋。1995年东区盖好13-14栋。随后，在东区盖起最后一批职工宿舍15-18栋。总之，董铺岛的职工宿舍，自1968年至1999年的三十一年中，共盖起三十六栋宿舍（东西区各18栋），分十三批建的，建成十二种房型（西区8栋和11-15栋是一个房型）。根据国务院1993年作出的决定，职工居住的公有房，出卖给职工个人。到1998年，中科院董铺岛上和梅山新村的职工宿舍全部卖给职工。